Sumber Air Baku untuk IPA Panaikang berasal dari Bendungan Lekopancing yang berada di aliran Sungai Maros. Dari intake, air baku dialirkan secara gravitasi melalui saluran terbuka sepanjang 28,90 km. Saluran ini terdiri atas:
- Saluran terbuka tanpa pelapisan (lining) sepanjang 20.928 meter.
- Siphon sepanjang 2.986 meter.
- Saluran Irigasi sepanjang 583 meter.
- Saluran terbuka dengan pelapisan sepanjang 128 meter.
Pada saat musim kemarau, debit air baku yang berasal dari Bendung Lekopancing turun sangat signi kan, sehingga dibangun intake lain yang mengambil air baku dari Sungai Jeneberang, lokasi intake berada di Malengkeri, sehingga intake ini di berinama Intake Malengkeri II, lokasinya bersebelahan dengan Intake Malengkeri I yang merupakan intake bagi IPA Mancini Sombala. Air baku dari Intake Malengkeri II dialirkan melalui Pipa PVC diameter 600 mm dan 500 mm sepanjang 5,7 km menuju IPA Panaikang.
