Alur proses pengolahan air minum di IPA Panaikang dimulai dengan proses prasedimentasi yaitu merupakan unit pengolahan pendahuluan yang berfungsi menurunkan kekeruhan yang tinggi dalam air baku. Kemudian, air baku melewati saringan kasar untuk menyaring sampah dan plastik.
Setelah proses penyaringan, tahap berikutnya dilakukan proses koagulasi, okulasi, sedimentasi dan ltrasi. Proses koagulasi pengadukan dengan cara mekanik (Flash Mixer) di tempat ini pula dilakukan penambahan koagulan yang dapat menurunkan parameter warna, bau, warna, Total Suspended Solid (TSS) dan zat organik. Tahap selanjutnya dilakukan proses okulasi dan sedimentasi menggunakan pulsator. Pada unit pulsator ini terjadi proses pengendapan, sehingga air yang keluar dari pulsator telah memiliki tingkat kekeruhan yang relatif rendah.
Setelah dari pulsator air dialirkan menuju lter (Saringan Pasir Cepat) dan ditampung dalam unit ground reservoir dengan total kapasitas 10.000 m3. Kemudian hasil produksi air minum disalurkan ke pusat distribusi di Kota Makassar untuk melayani penduduk di wilayah Panaikang.
